Das Gebiet, auf dem heute die Gemeinde St. Johann liegt, war ursprünglich von dichten Wäldern bewachsen. Die Jagd darin war den Grundherren vorbehalten.
Alles Land gehörte dem Kaiser. Da er es aber wegen der weiten Entfernung nicht selbst bewirtschaften konnte, belieh er Klöster und adelige Untertanen damit.
So sprechen die frühesten Aufzeichnungen u.a. von Besitzungen des Klosters Mondsee und des Klosters Asbach im Rott-Tale.
Um 1255 wurde Bayern geteilt und unsere Gegend gehörte von diesem Zeitpunkt an zu Niederbayern, mit der Hauptstadt Landshut. Die Bayernherzöge waren reich und brachten Wohlstand in das Land.
1439 wurde das Forstgericht Henhart gegründet, da die Herrschaft Friedburg, die auch das Forstgericht inne hatte, von den Kuchlern durch Kauf an Herzog Heinrich von Bayern gegangen war, an jenen Herzog, von dem die Bauern unseres Gebietes 1449 ihre Höfe "zu Erbrecht" erhalten haben.
Die Nahrungsquellen der damaligen Zeit waren durchwegs Ackerbau und Viehzucht.
Wie die Besiedlung unseres Ortes bis 1779 im Einzelnen vor sich ging, kann nicht nachvollzogen werden.
Auf einer Liste der neue gebildeten Ortsgemeinden, aus dem Jahr 1861 wird St. Johann wie folgt beschrieben:
- Steuerbezirk: Mauerkirchen
- Laufende Zahl: 15
- Name: St. Johann
- Flächenmaß: 7236 Joch/ 70 Klaffer
- SeelenzahL. 1057
- Steuergemeinden: 1 St. Johann
- Pfarrort: St. Johann, Henhart
- Schulort: St. Johann, Henhart
Die genaue Entwicklung unseres Ortes ist im Saiga Hanser Heimatbuch aufgezeichnet und kann dort nachgelesen werden.